Сохранив старый конфиг X-ов cp /etc/X11/xorg.conf /etc/X11/xorg.conf.old, можно создать новый c помощью xorgsetup. Для стандартной русско-английской раскладки с переключением по ctrl-shift надо выбрать раскладки us,none,ru,winkeys и Options grp:ctrl_shift_toggle и grp_led:scroll Затем в него надо внести следующие изменения:

Добавить русские шрифты из x11-fonts-cyrillic:

FontPath     "/usr/X11R6/lib/X11/fonts/cyrillic/"

после

FontPath     "/usr/X11R6/lib/X11/fonts/misc/"

Также можно заменить

Option "XkbLayout" "us,ru(winkeys)" 

на

Option       "XkbLayout"  "us,ru"
Option       "XkbVariant"  ",winkeys"

(Этот вариант в дальнейшем станет основным, нужен для gnome 2.16, Xorg >= 7.1)

Разрешить использовать 3D ускорение всем:

Section "DRI"
Mode 0666
EndSection

если надо ограничить использование 3D ускорения только одной группой (users), то:

Section "DRI"
Group "users"
Mode 0660
EndSection